La Historia Roderici narra el regreso triunfal de Rodrigo a Sevilla, donde al-Mutamid le entregó las parias para el rey Alfonso VI, a las que añadió muchos obsequios mas que el Campeador llevó a su rey. Firmada la paz entre al-Mutamid y Alfonso y cobradadas las parias, Rodrigo regresó a Castilla con todo honor. Pero la consecuencia de la victoria obtenida en Cabra le acarrearia graves perjuicios en la corte, ante la envidia de unos y el rencó de otros que le acusarón ante el rey de multidu de falsedades.
El conde Garcia Ordoñez, muy proximo al rey Alfonso, se habia convertido en su enemigo mas peligroso. No dejaria de influir sobre el rey con malas interpretaciones. El rey que llegó a considerar en algún momento desproporcionada la violencia que El Cid desplegó en la batalla de Cabra, y el posterior trato dado a Garcia Ordoñez, mas los rumores que estos hicieron llegar de que parte de los obsequios al-Mutamid se los habia entregado al Cid como agradecimiento por haberle protegido de los granadinos. Abrió la primera brecha en la confianza que hasta ahora el rey tenia en Rodrigo.
No hubo consecuenias inmediatas por el disgusto del rey por lo acontecido en Cabra, así el Cid, aparece como asistente al concilio celebrado en Burgos en 1080, presidido por el cardenal Ricardo, legado del Papa Gregorio VII se acepta el rito romano para todo el reino. En un diploma del 8 de mayo de 1080 otorgado a favor de Sahagun en compañia de el rey Alfonso y la reina Constanza, las hermanas del rey Urraca y Elvira, el infante Ramiro de Navarra, trece obispos de las sedes de Santiago, Burgos, Tuy, Lugo, Coimbra, Oviedo, León, Palencia,Orense, Astorga, Calahorra, Mondoñedo y Alava, los abades de Cardeña, Arlanza y Oña, dieciocho condes, entre los que se encontraban los hermanos de Jimena, Rodrigo y Fernando Diaz, el alferez del rey, el merino de Castilla y ocho magnates entre los que se encontraba Rodrigo.
Se celebraba el concilio en Burgos y en Toledo, el rey al-Qadir nieto del rey que habia acogido a Alfonso VI en su destierro, se sintió poco querido por sus subditos y huyó de Toledo refugiandose en tierras de Cuenca. Los toledanos ofrecieron el reino a al-Mutawakkil, rey de la taifa de Badajoz que se habia enfrentado con Alfonso VI negandose a pagar las parias. Acudió a la llamada de los toledanos que le ofrecián la ciudad de Toledo y en junio de 1080 entró en la ciudad, uniendo las taifas de Badajoz y Toledo lo que constituia una grave amenaza para Alfonso.
Alfonso acudió en ayuda del huido al-Qadir y envió un ejercito dirigido por el mismo, y en unión de al-Qadir puso sitio a la ciudad de Toledo, logrando reponerle de nuevo en el trono un año despues de que lo perdiese. Alfonso se hizo pagar los gastos por la campaña y exigió y le fué entregada la fortaleza de Canales a orillas del rio Guadarrama.
Cuando Alfonso se disponia a salir hacia Toledo, Rodrigo no le acompaño, quedandose en Castilla bajo la excusa de encontrarse seriamente enfermo. Asi lo narra la Historia Roderici "Despues del regreso de Rodrigo a Castilla con la honra ganada por la victoria de Cabra, el rey Alfonso se dispuso a salir con su ejercito hacia la tierra de los sarracenos, que se habian rebelado, para someterla y amplificar y pacificar su reino. En esta ocasión Rodrigo permaneció enfermo en Castilla"
El Cid se encontraba en Castilla, enfermo, cuando un grupo de moros atacó la fortaleza de Gormaz, en la frontera del reino leones, retirandose tras haber capturado un buen botin. Causando gran indignación en Castilla.
Llegó la noticia a Rodrigo que se encontraba en Vivar, provocando en el la misma ira o dolor que en el resto de la población. Congregó a su mesnada y entró en tierras de Toledo. Nos dice la Historia Roderici "Habiendo congregado su mesnada y bien armada toda ella, entró animosamente en el reino de Toledo saqueando y asolando tierras musulmanas; cautivó hombres y mujeres en número de siete mil y les arrebató todas sus riquezas y bienes, regresando con este botín a su casa"
La razia de Rodrigo en tierras de Toledo, disgustó mucho al rey Alfonso y a los magnates que lo acompañaban, entre ellos al conde Garcia Ordoñez, casado con doña Urraca, hermana del rey y gobernador de La Rioja. Los magnates y consejeros envidiosos del Campeador, hicierón ver al rey que la acción de Rodrigó, les habia puesto en peligro sus vidas, incluidas la del mismo monarca. Se atribuyen como definitivas para el destierro, las quejas de al-Qadir.
El Carmen Campidoctoris atribuye a los envidiosos de Rodrigo que ya desde antiguo intentaban enemistar al rey con el. "Y dijerón al rey: <Señor, ¿que haces?, estas trayendo el mal contra ti mismo; cuanto mas enalteces a Rodrigo mas nos desprecias a nosotros. Sabelo bien: nunca el te querrá, porque fué cortesano de tu hermano; siempre conspirará contra ti y preparará conjuras>. Estas habladurias de los murmuradores despertarón celos en el corazón de Alfonso, que temiendo perder el trono y honores, actuó con recelo. Y cambió todo su amor en ira, buscando ocasiones contra el reprochandole lo poco que tenia y lo mucho que se figuraba."
Nunca se sabrán las verdaderas razones, posiblemente fuese movido por motivos politicos.
